En tydlig regel inom myndighetsutövning på miljö- och hälsoskyddsområdet är att tillsynen skall bekostas av den som tillsynen riktas mot enligt "poluters pay"-principen. Trots denna regel är ca 50% av kostnaden för miljöförbundets verksamhet skattefinanisierad via bidrag från ägarkommunerna. Andelen från respektive kommun är baserat på befolkningsmängd.
För myndighetsutövningen finns det taxa antagen på miljöområdet respektive livsmedelsområdet. I princip består taxan av tre kategorier av avgifter.
- Avgifter för handläggning av olika former av tillstånd, anmälningsärenden och registreringar.
- Fasta årliga tillsynsavgifter för specifikt uppräknade verksamhetskategorier.
- Timkostnad för den tillsyn som inte omfattas av de två tidigare kategorierna.
